Tra IX e X secolo il Salento dovette sopportare gli assalti dei Saraceni, che riuscirono a stanziarsi a macchia di leopardo sul territorio per periodi più o meno lunghi, fieramente contrastati dai Bizantini, che con Basilio I avevano nel frattempo strappato ai Longobardi l'intera Puglia, istituendovi il Thema di Longobardia. Spesso, però, gli stessi sovrani bizantini mettevano a capo di una data città un generale o un uomo di fiducia longobardo, ennesima riprova di una situazione non ben chiara.

Nel 927 i musulmani distrussero numerose città tra le quali Taranto, che fu ricostruita solo quarant'anni dopo grazie all'Imperatore bizantino Niceforo II Foca. Nel 977 Oria fu devastata dai musulmani (Agareni li chiama il cronista Lupo Protospata che parla di migliaia di deportati, tra cui molti insigni ebrei). Nonostante ciò il IX e X secolo vanno ritenuti secoli di fioritura per il Salento, specie per le comunità ebraiche. Prime fra tutte quelle di Oria ed Otranto, che contribuirono anche con i loro commerci e la loro scienza all'ascesa di tali città. In particolare le fonti storiche riferiscono un'importante scuola di Qabbalah e medicina ad Oria, dove viveva l'insigne ebreo Shabbataj Ben Abbraham Donnolo.